一、无机肥料检测
叶面肥料、氮肥、磷肥、钾肥、钙镁硫肥、复合肥料、微量元素肥料等、过磷酸钙、重过磷酸钙、钙镁磷肥、磷矿粉、氯化钾、硫酸钾、窑灰钾肥、磷酸一铵、磷酸二铵、硝酸磷肥、磷酸二氢钾及多种掺混复合肥等。
二、有机肥料检测
油茶饼粕有机肥、煤系腐植酸复混肥、有机-无机复混肥料、生物发酵肥等。
三、微生物肥料检测
根瘤菌肥料、固氮菌肥料、磷细菌肥料、根瘤菌剂、固氮菌剂、溶磷菌剂、硅酸盐菌剂、菌根菌剂、光合菌剂、有机物料腐熟剂、复合菌剂和土壤修复菌剂等。
除了蛔虫卵死亡率、粪大肠菌群数等污染物检测项目外，有机肥料可以检测以下项目：
理性能检测项目：磨耗率、粒度、抗压碎、细度、水分、pH值（酸碱度）；
有效成分检测项目：总养分（氮+五氧化二磷+氧化钾）的质量分数、 总氮含量、钾含量、磷含量、氨基酸、有机质含量等；
微量元素检测项目：钙、铜、铁、镁、锰、锌、硒、氟等；
重金属检测项目：总铅、总铬、总镉、总汞、总砷等；
抗菌类药物检测项目：土霉素、四环素、金霉素、强力霉素、磺胺类药物等；
其他含量检测项目：腐植酸、硫酸盐含量、亚甲基二脲含量、不溶物含量等。
相比较无机肥料的有规模的工业化生产，有机肥料从原料来源上就较为复杂。有机肥料多是一些动植物残体、动物的粪便以及一些生活垃圾等物质生产出来的。这也就导致了很多有机肥料产品在杂菌率、蛔虫卵死亡率、粪大肠菌群数等菌落指标上很容易超标。而有机肥料如果菌落超标，不仅可能其养分成分植物得不到吸收，甚至一些寄生虫由此进入农作物体内，而人们一旦食用了这种带有寄生虫的农作物，对身体健康便可能产生一定危害。有机肥料在生产上对污染物限量指标的控制，也就成为保证农业生产安全的重要因素。